Perustettiin Ruotsin Ylitornion emäseurakunnan kappeliksi nimellä Muonioniska 1788. Siirrettiin Haminan rauhassa Suomeen ja erotettiin omaksi kirkkoherrakunnaksi keisarillisella kirjeellä 5.3.1812, jolloin seurakuntaan yhdistettiin kappelina Enontekiön entinen emäseurakunta ja seurakunnille asetettiin yhteinen papillinen katekeetta. Keisarillisella kirjeellä 4.9.1856 määrättiin, ettei seurakunnan katekeetan tarvinnut olla papiksi vihitty. Enontekiö perustettiin omaksi kappeliksi 1856 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1916. Muonion katekeetta sai palkanlisäystä 180 markkaa keisarillisella kirjeellä 16.12.1887 ja toisen katekeetan virka perustettiin Keisarillisen Senaatin päätöksellä 1.9.1897. Keisarillinen Senaatti myönsi Muonion ja Enontekiön kirkkojen kunnostukseen 25 000 markkaa 31.1.1903 ja korjaamiseen lisäksi 6 00 markkaa 6.3.1906. Seurakuntaan on kuulunut Ylimuonion rukoushuone. Muonion kunta perustettiin 1868.
Muonion ensimmäinen pieni kirkkotupa sijaitsi kirjallisuustietojen mukaan Ollinmäellä, mutta karttatietojen perusteella tupa olisi sijainnut mahdollisesti Pappilantörmällä. Ensimmäinen varsinainen kirkko määrättiin rakennettavaksi Muonioon valtion varoilla seurakunnan tultua erotetuksi omaksi kirkkoherrakunnaksi 1812. Kirkon rakentaminen oli tullut maksamaan 6 768 ruplaa hopeassa sen valmistuessaan 1817. Kirkon kellotorni rakennettiin 1883. Kirkko vaurioitui Lapin sodassa ja vauriot kunnostettiin 1949.
Muut nimet
Muonioniska
Kylät
Alamuonio, Kätkäsuvanto, Ylimuonio
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherrat
1812–1829 Matias Kolström
1833–1848 Erik Kristian Castrén
1848–1854 Jakob Fredrik Liljeblad
1854–1868 Karl Ferdinand Pfaler
1869–1872 Karl Immanuel Hällfors
1876–1879 Samuel Porthan
1880–1892 Oskar Alfred Voldemar Aurén
1893– Julius Snellman
Apupapit ja armovuoden saarnaajat
1788–1812 Matias Kolström, virka lakkautettiin
Ylimääräiset papit
1825–1834 Matias Adolf Kolström, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra
1834–1836 Esaias Castrén, kirkkoherran sijainen
1836 Nils Frosterus, sijaiskirkkoherra
1837–1848 Jakob Fredrik Liljeblad, kirkkoherran sijainen, välisaarnaaja
1868–1869 Johan Nordberg, vt. kirkkoherra, Kittilän kappalainen
1868–1869 Johan Immanuel Bergh, vt. kirkkoherra, Kolarin kappalainen
1872 Karl Abiel Heikel, vt. kirkkoherra, Kittilän kirkkoherra
1873–1876 Karl Abiel Heikel, vt. kirkkoherra, Kittilän kirkkoherra
1879–1880 Karl Abiel Heikel, vt. kirkkoherra, Kittilän kirkkoherra
1872–1873 Johan Robert Castrén, vt. kirkkoherra, Turtolan kirkkoherra
1892–1893 Frans Alfred Carpén, vt. kirkkoherra, Kittilän kirkkoherra
Arkisto
Muonion seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1722, tilikirjat vuodesta 1799 ja historiakirjat vuodesta 1797. Pappila paloi kesällä 1797, jolloin todennäköisesti tuhoutui vanhimmat tilikirjat ja historiakirjat vuodesta 1788. Kirkko syttyi palamaan 25.4.1914, mutta tulen voima saatiin estetyksi. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Oulussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1722–1961.