Joensuun kaupunki sai privilegionsa 29.11.1848 ja kaupunginsaarnaajan palkkaamisesta päätettiin 12.3.1851. Ensimmäisen saarnaajan lähdettyä pois seurakunnasta tuli Liperin kaupunkiseurakunta ja edelleen Kontiolahden kaupunkiseurakunta tämän itsenäistyttyä 1874. Erotettiin Kontiolahdesta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1912 ja ero toteutui 1918. Seurakuntaan liitettiin Pielisensuun seurakunta 1954 ja päätös astui voimaan 1.1.1956. Mainitulla päätöksellä Pielisensuusta liitettiin Pielisjoen länsipuoliset alueet Joensuuhun ja Pielisensuu jäi toimimaan itsenäisenä Joensuun seurakuntana. Joenuun Mutalan, Rantakylän ja Yran kylät erotettiin Rantakylän seurakunnaksi 1.1.1983 ja seurakunnalla oli Pielisensuun tavoin yhteistalous Joensuun seurakunnan kanssa.
Seurakuntaan kuuluneen Utran teollisuuskeskuksen hengellinen aktiivisuus alkaen 1860-luvulta ja vuosisadan vaihteeseen mennessä se sai oman kirkon ja saarnaajan. Toiminnan hiljennyttyä Utra jäi aluksi Kontiolahden seurakunnan hoitoon ja myöhemmin määrättiin muodostetun Pielisensuun seurakunnan osaksi 1912.
Naapuriseurakunnat
Kiihtelysvaara, Kontiolahti, Liperi, Pyhäselkä
Papisto
Kaupunginsaarnaajan palkasta tehtiin suostumus 16.9.1860 sekä siitä keisarillisen senaatin päätökset 15.3.1866 ja 27.5.1886. Sporttelitaksan vastikkeesta tehtiin määräys 3.11.1887. Saarnaajan palkkaan kuului myös kaksi pientä heinäpeltoa, joista sai heinät yhdelle lehmälle.
Arkisto
Joensuun seurakunnan rippikirjat ja historiakirjat alkavat vuodesta 1851. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Joensuussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1850–1902.