Perustettiin Iin emäseurakunnan kappeliksi 1630. Seurakunnan pitäjänapulainen siirrettiin Ylikiiminkiin 1737. Siirrettiin Iistä Kiimingin seurakunnan kappeliksi keisarillisella käskykirjeellä 25.10.1858 ja erotettiin Kiimingistä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 24.11.1873, mikä toteutui 1900, jolloin seurakunta asetettiin kirkkoherran ja tämän palkkaaman apulaisen hoidettavaksi. Haukiputaan kunta perustettiin 1866, siihen kuulunut Pateniemen alue liitettiin Ouluun 1965 ja koko kunta liitettiin Oulun kaupunkiin 2013.
Seurakunnan ensimmäinen kirkko on sijainnut kirjallisuustietojen mukaan Kellon kylässä jo 1500-luvulla. Toinen kirkko rakennettiin 1630 ja ukkonen sytytti kirkon palamaan 12.8.1700, mutta runsas sade esti tulen leviämisen ja suuremman tuhon. Kirkon kellotapuli paloi samoin ukkosen aiheuttamasta tulesta 1702. Nykyistä kirkkoa koristavat lukuisat Mikael Topeliuksen seinämaalaukset, jotka hän teki 1774.
Kylät
Haukipudas, Kello
Naapuriseurakunnat
Hailuoto, Ii, Kiiminki, Oulujoki, Ylikiiminki, Yli-Ii
Papisto
Kirkkoherrat
1901–1932 Viktor Alfred Virkkula
Kappalaiset
1631 Jacobus Kranck
1632–1659 Carolus Henrici Limingius
1664–1678 Johannes Caroluksenpoika Barkholm
1680–1689 Thomas Pauluksenpoika Hattulander
1689–1701 Simon Jacobi Frosterus
1703–1736 Petrus Uhlberg
1737–1788 Erik Abrahami Frosterus
1789–1816 Jakob Frosterus
1818–1831 Mikael Österberg
1834–1879 Julius Alexander Krank
Ylimääräiset papit
1690–1699 Petrus Nessenius, papiston apulainen
1717–1721 Daniel Keckman, saarnaaja
1771–1774 Johan Frosterus, kappalaisen apulainen
1817 Christer Johan Castrén, väliajansaarnaaja
1832 Johan Anders Landfors, väliajansaarnaaja
1832–1834 Johan Peter Lithovius, virka– ja armovuodensaarnaaja
1857 Oskar Elis Petterson, kappalaisen apulainen
1858–1859 Johan Vilhelm Murman, kappalaisen apulainen
1859–1860 August Benjamin Calamnius, kappalaisen apulainen
1867–1869 Kristian Kekoni, kappalaisen apulainen
1872–1873 Erik Snellman, kappalaisen apulainen
1873–1876 Josef Salem Laurell, kappalaisen apulaisen sijainen
1876 Johan Fredrik Lindbäck, kappalaisen sijainen
1876–1878 Frans Alfred Carpén, kappalaisen sijainen
1878–1880 Viktor Alfred Virkkula, sijaiskappalainen
1880–1901 Lars August Malmberg, vt. kappalainen, vt. kirkkoherra, kirkkoherran apulainen
1915–1921 Alfred Virkkula, kirkkoherran apulainen
1921–1923 Yrjö Alikoski, kirkkoherran apulainen
1923–1925 Pauli Kauppinen, kirkkoherran apulainen
Arkisto
Haukiputaan seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1731, tilikirjat vuodesta 1702 ja historiakirjat vuodesta 1680. Isonvihan aikana 1742 venäläiset polttivat seurakunnan pappilan ja ryöstivät sekä kirkkoa että pappilaa, jolloin hävisi osa vanhinta kirkonarkistoa. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Oulussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1680–1895.