Mainitaan Ruotsin Uppsalan hiippakunnan Luulajan emäseurakunnan kappelina 1345 ja itsenäisenä kirkkoherrakuntana ainakin jo 1477. Luultavasti 1400-luvulla rakennettua kirkkoa laajennettiin 1797 siten, että vanha kirkko muodosti ainoastaan ristikirkon itäisen haaran. Venäläiset ryöstivät kirkkoa ennen vuotta 1514. Siirrettiin Haminan rauhassa kuuluvaksi Suomen suuriruhtinaskuntaan 1809. Rajajärjestyskirjan 20.11.1810 mukaan tehtiin suostumus niistä korvaussummista, jotka oli suoritettava kummaltakin puolelta entisistä yhteisistä kirkoista. Keisarillinen Senaatti määräsi 9.3.1816, että Alatornion seurakunnan maksettava korvaus 2 423 riikintaaleria oli suoritettava valtion varoista sekä Heitaniemen osa 27 riikitaaleria 26 killinkiä sekä Enontekiölle maksettava 764 riikintaaleria 25 killinkiä Suomen valtion varoista. Seurakunnan olot järjestettiin keisarillisella käskykirjeellä 5.3.1812, jolloin siihen liitettiin kuuluvaksi Karungin kappeli ja Tornion kaupunki. Seurakuntaan kuulunut Karungin kappeli erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1812 ja Tornio 1896.
Tornioon liitettiin Putaan kylästä Alatalon, Ylitalon ja Pulkkisen tilat, osia Torpan ja Viidan tiloista sekä Kallion tila 1925. Putaan kylän rautatiealue liitettiin Tornioon 1944. Tornioon liitettiin Putaan kylän noin 50 tilaa, Pirkkiöstä 17 tilaa ja Tornio-Röyttän satamaranta-alue, Kivirannan kylästä valtion rautatiealue ja Yliraumon kylästä kuusi tilaa 1957. Alatornion kunta liitettiin Tornioon 1973 .
Muut nimet
Nedertorneå
Kylät
Alaraumo, Alavojakkala, Arpela, Kaakama, Kantojärvi, Kiviranta, Könölä, Laivajärvi, Laivaniemi, Liakka, Pirkkiö, Pudas, Ruottala, Yliraumo, Ylivojakkala
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherralle myönnettiin kaksi pannia jyviä 23.1.1600. Kirkkoherra sai jumalanpalveluksista Lapissa neljä tynnyriä kruununjyviä 9.4.1629. Kirkkoherran voisaatavista kuninkaan valtuutettujen päätös Länsipohjan talonpoikaissäädyn valituksiin 20.3.1668, kuninkaan päätös 23.1.1748 ja Länsipohjan maaherran päätös 19.3.1790. Karjakymmenyksistä tehtiin suostumus Skellefteåssa 24.3.1668. Kirkkoherran kalakymmenyksistä kuninkaallinen päätökset 28.3.1625, 16.2.1627, 17.7.1637, 20.11.1723 ja 11.2.1796. Kirkkoherran ja kappalaisen virkataloilla oli yhden tynnyriveron lohenkalastusoikeus.
Kirkkoherrat
1386 Anders
–1477 Ragvald
1477– Nicolaus Gerdari, asui Uppsalassa
Andreas Andreæ Essevius
1539–1543 Oloff
1553–1560 Michael
1560–1565 Andreas Nicolai
1565–1596 Eschillius Andreas Ruuth
1597 Magnus Jonae
1599–1600 Hans Petri
1599–1624 Canutus Martini Carelius
1624–1639 Martinus Mathiae Warg (Wargius)
1639–1681 Johannes Jonæ Tornæus
1681–1682 Henricus Johannis Tornström
1684–1705 Gabriel Johannis Tuderus
1706–1724 Henricus Johannis Forbus
1724–1760 Abraham Johannis Fougt
1762–1783 Ericus Erici Brunnius
1784–1809 Gustaf Vilhelm Rydman
1816–1828 Simon Appelgren
1832–1846 Erik Castrén
1849–1864 Carl Arvid Castrén
1865–1880 Erik Ulrik Castrén
1882–1892 Fredrik Edvard Castrén
1893–1902 Johannes Granö, ensin vt. kirkkoherra
1903–1906 Eljas Lönnrot
1907– Gustaf Junnelius
1912–1929 Ludvig Grönholm
1934–1956 Oskari Jussila
Kappalaiset, Tornionjoen länsipuolella
1547 Michael
1564–1578 Laurentius Henrici
1593–1614 Laurentius Jonae Bothiensis
1613–1614 Marcus Eschill
1616–1621 Simon Mathiae
1629–1642 Johannes Laurentii Kempe
1644–1645 Mathias Canuti
1650–1667 Jacobus Enqvist
1668–1670 Johannes Tornberg eli Tornebergius
1671–1680 Thomas Hortulander eli Haltulander
1683–1696 Martinus Kempe
1697–1715 Jonas Tornaeus
1716–1717 Laurentius Kempe
1718–1729 Isaacus Salomonis Grape
1729–1757 Olaus Erici Brunnius
1760–1763 Isaac Isaaci Grape
1763–1772 Carolus Olai Brunnius
1775–1784 Jacob Turdfjaell
1785–1808 Fredrik Engelmark
1792–1812 Johan Vijkström
1814–1819 Anders Forsell
1822–1846 Gustaf Bohm
1848–1865 Erik Ulrik Castrén
1871–1882 Fredrik Edvard Castrén
1883–1893 Johan Gustaf Snellman
1894–1912 Ludvig Grönholm
1913–1925 Matti Torvinen
1925 Kaarlo Kauppinen
1926–1928 Aarne Tuovinen
1928–1930 Yrjö Helanen
1930 Toivo Laitinen
1932–1956 Olli Marttinen
Kappalaiset, Tornionjoen itäpuolella
1593 Jöran Henrici
1596–1603 Simon Nicolai Ruuth
1604–1614 Marcus Nylandus
1626–1635 Simon Olai Mylander
1635–1643 Andreas Andreæ Essevius
1642–1658 Petrus Steccius
1654–1686 Martinus Kempe
1678–1681 Henricus Tornström
1683–1690 Nicolaus Johannis Tornæus
1691–1718 Ericus Olai Brunnius
1726–1743 Henricus Tornberg
1743–1765 Salomon Grape
1765–1774 Laurentius Longström
1776–1779 Salomon Antman
1781–1785 Nils Viklund
1786–1791 Erik Viklund
1792–1812 John Wijkström
Ylimääräiset papit
1638 Johannes Martini Wargius, kirkkoherran apulainen
1812–1814 Anders Forsell, vt. kappalainen
1812–1819 Karl Jakob Borg, välisaarnaaja, kirkkoherran virallinen apulainen
1814–1820 Josef Sevonius, kappalaisen apulainen, vt. kappalainen
1819–1820 Henrik Josef Bergh, kirkkoherran apulainen
1820–1822 Krister Johan Castrén, armonvuodensaarnaaja
1820–1825 Gustaf Alrik Frosterus, kirkkoherran apulainen
1822–1823 Engelbrekt Boijer, kappalaisen apulainen
1823–1837 Karl Fredrik Bohm, kappalaisen apulainen
1825–1826 Johan Simon Appelgren, kirkkoherran apulainen
1826–1827 Zachris Toppelius, kirkkoherran apulainen
1827–1836 Gustaf Vilhelm Appelgren, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1827–1832 Johan Peter Lithovius, kappalaisen apulainen
1832–1849 Erik Ulrik Castrén, kirkkoherran apulainen, sittemmin armovuodensaarnaaja
1834–1836 Gustaf Lövenmark, kirkkoherran apulainen
1836 Erik August Montin, kirkkoherran apulainen
1841–1843 Berndt Enok Ingman, kappalaisen apulainen
1843 Zakris Castrén, kappalaisen apulainen
1843–1845 Mikael Reinhold Montin, kappalaisen apulainen
1845–1847 Lars Herman Laurin, kappalaisen apulainen
1847–1849 August Kranck, armonvuodensaarnaaja, kappalainen, kirkkoherran apulainen
1849–1853 Karl Filip Tillman, kirkkoherran apulainen
1853–1854 Karl Ferdinand Pfaler, kirkkoherran apulainen
1853–1871 Fredrik Edvard Castrén, kirkkoherran apulainen
1854–1856 Johan Robert Castrén, papiston apulainen
1856–1859 Johan Robert Castrén, papiston apulainen
1858 Fredrik Edvard Castrén, sijaiskirkkoherra
1867–1871 Fredrik Edvard Castrén, persoonallinen pitäjän apulainen
1871–1876 Peter Edvard Ervast, kirkkoherran apulainen
1876–1877 Johan Henrik Foudilla, kirkkoherran apulainen
1877–1879 Mats Emil Zimmerman, kirkkoherran apulainen
1878 Gustaf Junnelius, kirkkoherran apulainen
1879–1883 Emil Johannes Lindberg, kirkkoherran apulainen, vt. kappalainen
1891–1892 Johan Peräntie, vt. kappalainen, kirkkoherran apulainen
1892 Julius Snellman, armonvuodensaarnaaja
1892–1894 Ludvig Grönholm, armonvuodensaarnaaja, sijaiskirkkoherra, vt.kappalainen
1900 Rurik Calamnius, vt. kappalainen, vt. kirkkoherra
1903–1906 Juho Kipinä, vt. kirkkoherra
1909 Kaarlo Kustaa Hautaniemi, kirkkoherran apulainen
1929–1930 Yrjö Helanen, vt. kirkkoherra
1930– Toivo Laitinen
1933–1934 Volter Ervasti
1943–1944 Hannes Leinonen
Arkisto
Alatornion seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1750, tilikirjat vuodesta 1683 ja historiakirjat vuodesta 1707. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Oulussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1556–1946.
Kansallisarkisto on digitoinut Alatornion seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1850-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.